Im Stiftsbrief des Klosters Göttweig des hl. Bischof Altmann von Passau wird Pfaffendorf als Filiale von Nalb erstmalig genannt und mit Nalb der Patronanz und Lehensherrschaft Göttweig unterstellt, verbleibt aber laut Urkunde vom Jahre 1115 weiterhin im Besitz des Hochstiftes Passau. Auch die Seelsorger wurden vom Bistum Passau eingesetzt, es waren Weltpriester – damals Pfaffen genannt – daher der Name Pfaffendorf.

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Im Jahre 1289 wurde in Pfaffendorf vom Passauer Bischof ein Vikariat eingerichtet. Pfaffendorf gehörte immer noch zur Mutterpfarre Nalb, war aber nun eine eigene Seelsorgstelle mit einem ständigen Seelsorger. 1289 gilt daher auch als Jahr der Pfarrgründung. Wann die endgültige Loslösung erfolgte, ist unklar. Als im Jahr 1386 die Pfarre Nalb dem Stift Göttweig inkorporiert wurde, wurde Pfaffendorf in der Urkunde nicht mehr erwähnt. Daraus lässt sich schließen, dass Pfaffendorf zu diesem Zeitpunkt schon selbstständig war.

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Bis Ende des 17. Jahrhunderts waren hauptsächlich Weltpriester als Pfarrer eingesetzt. Ab 1699 übernehmen Göttweiger Mönche die Seelsorge.