Das Pfarrgebiet von Haugsdorf wurde zum ersten Mal im Jahr 1108 in einer Urkunde im Zusammenhang mit der Mutterpfarre Wullersdorf erwähnt. 1319 wurde Haugsdorf aus der Pfarre Wullersdorf ausgegliedert und erlangte dadurch die Selbständigkeit. 1783 wurden im Zuge der josephinischen Reformen die zu Haugsdorf gehörigen Filialen Alberndorf und Untermarkersdorf als eigenständige Pfarren gegründet. Seitdem gehören zum Pfarrgebiet die Ortschaften Haugsdorf, Auggenthal und Kleinhaugsdorf. Haugsdorf ist dem Benediktinerstift Melk inkorporiert. Im Jahr 2015 hatten knapp 1000 Katholiken in der Pfarre ihren Hauptwohnsitz.

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Die Pfarrkirche ist den Aposteln Petrus und Paulus geweiht. Sie ist eine dreischiffige, gotische Hallenkirche, die an der Wende vom 14. zum 15. Jahrhundert errichtet wurde. Das Kreuzgewölbe des Schiffes wird von sechs Pfeilern getragen. Das Presbyterium ist ein jüngerer Vergrößerungsbau.

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Der Hochaltar aus schwarzem Stuckmarmor wurde 1796 errichtet. Das Altarbild zeigt die Kirchenpatrone Peter und Paul und ist ein Werk von Johann Martin Grassinger, einem Schüler des „Kremser Schmid“. Links und rechts vom Hochaltar befinden sich Statuen von den Heiligen Florian und Leopold. Martin Grassinger hat auch die aus Lindenholz geschnitzte Kanzel geschaffen. Der Korpus des Kreuzes an der Stirnwand im linken Schiff stammt aus der Pulkauer Pfarrkirche (vermutlich 16. Jht.). Die Madonna vorne im rechten Schiff ist spätgotisch (16. Jht.). Die steinerne Pieta vorne links ist ein Werk des Bildhauers Josef Bock aus dem Jahr 1832. Die Orgel wurde 1995 von Walter Vonbank aus Scheifling in der Steiermark gebaut. Sie ist eine zweimanualige Orgel mit 20 Registern und 1154 Pfeifen.